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PCR Clean科研实验数据
点击次数:4801 发布时间:2020/10/16 12:57:00
实验过程
1、去除不同表面上的DNA扩增片段
我们用大肠杆菌O104和O157的DNA扩增片段,检查了PCR Clean™对DNA污染的去除效率,并和其他几种去除试剂进行了比较。我们在塑料薄膜、玻璃表面和千思板(常用于实验工作区台面,Trespa®品牌)滴加了2μl(0.2 ng)大肠杆菌O104 DNA,在Plexiglas®(树脂玻璃)和铝表面滴加了2μl(0.2ng)大肠杆菌O157 DNA。待DNA完全风干后,用蘸有PCR Clean™或一种稀释的洗洁精、70%乙醇、异丙醇、水的纸巾擦拭去除,或者用干纸巾擦拭去除。随后用一个干净潮湿的拭子在该区域表面涂拭取样。另取0.05 ng大肠杆菌O104 DNA或0.2 ng大肠杆菌O104 DNA作为阳性对照,加入250l PCR级别水溶解,其抽提方式和其他样品一样。
2、去除铝表面的基因组DNA和质粒DNA
在铝表面滴加2μl(2X106拷贝数)大肠杆菌基因组DNA或质粒DNA测试。PCR Clean™与蘸水的湿纸巾或干纸巾对照。
3、去除Plexiglas®(树脂玻璃)表面上的RNA
在Plexiglas®表面6个点分别滴加5g(11μl)RNA进行测试。取样后的RNA作逆转录和qPCR。
4、DNA抽提和qPCR扩增
拭子上的DNA采用SwabUp™ Lab Monitoring试剂盒进行抽提。所有收集的样本DNA和阳性对照抽提的方式相同。随后进行qPCR。
检验结果
1、去除不同表面的DNA扩增片段
结果显示,和其他几种清除剂相比,PCR Clean™的对扩增的DNA段去除的更多(见表1),效果*jia(见图1),Ct值更高。
表1:与其他清除剂相比,使用PCR Clean™后,qPCR测定的细菌DNA扩增片段的Ct值
图1:采用不同的清除剂,对 A.树脂玻璃®、B.铝、C.千思板®、D.玻璃和E.塑料薄膜上的大肠杆菌DNA扩增片段去除后,qPCR的扩增曲线
2、去除铝表面的基因组DNA和质粒DNA
结果显示,与水和干纸巾相比,含PCR Clean™的湿巾对基因组DNA和质粒DNA有更多的去除(见表2)。Ct值(图2,A,B)更高,提示DNA量有大幅下降。
表2:与水和干纸巾相比,使用PCR Clean™后,qPCR测定的铝表面基因组DNA或质粒DNA的Ct值
图2:采用PCR Clean™、水或干纸巾去除铝表面的大肠杆菌基因组DNA或大肠杆菌质粒DNA后的qPCR扩增曲线
3、去除Plexiglas®(树脂玻璃)表面的RNA
和其他几种清除剂相比,PCR Clean™对Plexiglas®表面的RNA去除*多(见表3),Ct值也*gao(见图3)
表3:和其他几种清除剂相比,PCR Clean™去除树脂玻璃表面的RNA后,RNA逆转录合成cDNA, 再qPCR测定Ct值
图3:使用不同的清除剂,从树脂玻璃®中去除RNA后,RNA再逆转录并进行qPCR扩增
结论
我们研究的结果显示,PCR Clean™对来自所有检测表面的DNA扩增片段,质粒、基因组DNA和RNA污染的去除,是极为有效的,而且起效很快。去除结果还显示,相比于其他常见的DNA清除剂,比如分子生物学实验室常用的乙醇、异丙醇或洗洁精,PCR Clean™的去除效果和效率都具有明显的优势。因此,在PCR反应前后,经常使用PCR Clean™,会非常便捷,可理想地保持干净的工作区域,而这对于分子生物学实验室和PCR工作台都是非常重要的,因为它可节省时间和支出。
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